Opción de maestría en bioinformática

La Universidad de Cranfield en el Reino Unido ofrece una maestría en Bioinformática, para los interesados en ampliar sus conocimientos.

Aceptan a personas provenientes de varias carreras, al ser esta una materia multidisciplinar.

¿Qué es el ADN?

Este video del Proyecto del Genoma Humano ayudará a entender un poco la función y múltiples estructuras del ADN:

El Proyecto Genoma Humano fue un costoso proyecto internacional de investigación científica que empezó en el año 1990 y todavía no termina (a pesar de que se proyectaron solamente 15 años de trabajo. El objetivo de este proyecto era determinar la secuencia de pares de bases químicas que componen el ADN e identificar y cartografiar los aproximadamente 20000 a 25000 genes del genoma humano, desde un punto de vista físico y funcional.

La Sociedad Iberoamericana de Bioinformática

Con el objetivo de contribuir al desarrollo de la bioinformática y de la biología computacional en toda Iberoamérica, 22 países formaron, en el año 2009, la Sociedad Iberoamericana de Bioinformática (SoIBio), que estará presidida por Julio Collado-Vides, experto del Centro de Ciencias Genómicas de la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM) y cuyo vicepresidente es Javier de las Rivas, científico del Centro de Investigación del Cáncer (CIC) de Salamanca. Todo ello coindicidió con la celebración de la International EMBnet-RIBio Conference 2009 en Puerto Morelos (Quintana Roo, México) el pasado lunes 26 de octubre.

La Bioinformática resulta en la actualidad imprescindible en el análisis de los datos que aportan las ciencias genómicas, biológicas y biomédicas. En el continente americano, países como México, Brasil, Argentina y Uruguay cuentan con grandes especialistas, por lo tanto, el objetivo de España y Portugal es tener una relación especial con estos países con mucho potencial y procurar el desarrollo de la disciplina en el resto de la región. Así sería posible estar a la altura de otros países europeos, que son líderes por su experiencia, y de las potencias de Asia y el Pacífico, cuyo potencial tecnológico las coloca también en la primera línea de conocimiento.

El nuevo organismo vendrá a reforzar la colaboración entre distintas instituciones, que en el caso de la UNAM y el Centro del Cáncer de Salamanca, perteneciente a la Universidad de Salamanca y al Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC), se ha iniciado ya hace tiempo. Esta Sociedad es fruto del trabajo y cooperación iniciado con la Red Iberoamericana de Bioinformática (RIBio), que ha reunido a investigadores iberoamericanos en encuentros científicos y cursos avanzados a lo largo del último quinquenio. La SoIBio buscará difundir el conocimiento de la Bioinformática en Iberoamérica haciendo especial énfasis en divulgación, organización de talleres y cursos avanzados, así como una reunión científico-técnica anual, que estarán dirigidos tanto a investigadores como a profesionales interesados en la investigación, docencia y promoción de la bioinformática. La nueva sociedad queda abierta a la incorporación de científicos y profesionales de todo el mundo que trabajen y estén interesados en el desarrollo iberoamericano de la bioinformática.

Según han informado sus responsables, la SoIBio pretende servir de enlace y apoyo no sólo para las sociedades nacionales que trabajan en Bioinformática en Iberoamérica, sino también facilitará la interacción con otras asociaciones internacionales como son la Red Europea de Bioinformática (European Molecular Biology Network, EMBnet), la Red Asia-Pacífico de Bioinformática (Asian-Pacific Bioinformatics Network, APBioNet) y la Sociedad Internacional de Biología Computacional (International Society for Computational Biology, ISCB).

El siguiente es el enlace web de la Sociedad Iberoamericana de Bioinformática:

http://www.soibio.org/en

Usos principales de la bioinformática

Dentro de las principales aplicaciones de la bioinformática se encuentran la gestión de datos en los laboratorios, la automatización de experimentos, el ensamblaje de secuencias contiguas, la predicción de dominios funcionales en secuencias génicas, el alineamiento de secuencias, las búsquedas en bases de datos de estructuras, la determinación y predicción de la estructura de las macromoléculas, la evolución molecular y los árboles filogenéticos. Las especialidades médicas que han recibido una mayor influencia de la Bioinformática son la Genética Médica, la Bioquímica Clínica, la Farmacología, las Neurociencias, la Estadística Médica, la Inmunología, la Fisiología y la Oncología.

Desde el principio de los años 90, muchos laboratorios han estado analizando el genoma completo de varias especies tales como bacterias, levaduras, ratones y seres humanos. Durante estos esfuerzos de colaboración, se han generado cantidades enormes de datos, los cuales se recogen y se almacenan en grandes bases de datos, la mayoría de las cuales son publicadas y accesibles. Además de recopilar todos estos datos, es necesario comparar semejanzas y diferencias de estas secuencias de nucleótidos o de aminoácidos. Puesto que comparar las secuencias de cientos de nucleótidos o aminoácidos de manera manual es inconveniente, varias técnicas de cómputo han sido desarrolladas.

El desarrollo de este tipo de base de datos no solamente significaba el diseño de la misma, sino también, el desarrollo de interfaces donde los investigadores pudieran acceder los datos existentes y suministrar o revisar datos. De allí viene el surgimiento del campo de la bioinformática y ahora el campo más popular es el análisis e interpretación de varios tipos de datos, incluyendo secuencias de nucleótidos y aminoácidos, dominios de proteínas y estructura de proteínas.

Algunas herramientas bioinformáticas utilizadas para la obtención de información son:

1) Obtención de secuencias similares a la secuencia problema. Ej. BLAST.

2) Obtención de secuencias con palabras clave. Ej. SRS.

3) Búsqueda de motivos funcionales o estructurales en una secuencia. Ej. PROSITE

4) Alineamiento múltiple de la secuencia problema con otras similares, y definición de regiones conservadas y variables. Ej. Programa CLUSTAL.

5) Reconstrucción de la filogenia a partir del alineamiento. Ej. PHYLIP, MEGA.

7) Construcción y diseño de imprimadores para duplicar ADN. Ej. DNAStar

8) Análisis de sitios de restricción en ADN o sitios de cortes de enzimas proteolíticas en las proteínas. Ej. PeptideCutter

Las bases de datos de secuencias constituyen el fundamento de todas las herramientas bioinformáticas. Si bien existe un gran número de iniciativas que ha producido un enorme número de bases de datos, con distintos tipos de datos, merece la pena resaltar los dos centros más importantes en relación a las bases de datos moleculares: el NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/) y el EBI (http://www.ebi.ac.uk/). En las páginas web de estas instituciones las bases de datos más importantes a nivel de ácidos nucleicos son: GenBank, DDBJ y EMBL y a nivel de proteínas son: SwissProt, PIR, TrEMBL.

Las tecnologías de la información jugarán un papel fundamental en la aplicación de los desarrollos tecnológicos en el campo de la genética a la práctica médica. La aplicación de los conocimientos en genética molecular y las nuevas tecnologías son necesarios para el mantenimiento de la competitividad del sistema sanitario, no sólo paliativo sino preventivo. La identificación de las causas moleculares de las enfermedades junto con el desarrollo de la industria biotecnológica, en general, y de la farmacéutica en particular, permitirán el desarrollo de mejores métodos de diagnóstico, la identificación de dianas terapéuticas, el desarrollo de fármacos personalizados y una mejor medicina preventiva.

Avances en la detección y tratamiento de enfermedades y la producción de alimentos o animales genéticamente modificados son, entre otros, ejemplos de los beneficios mencionados más frecuentemente. Además involucra la solución de problemas complejos usando herramientas de sistemas y computación. También, incluye la colección, organización, almacenamiento y recuperación de la información biológica que se encuentra en las bases de datos.

Bienvenidos

Bienvenidos a la Revolución del ADN, blog dedicado al conocimiento y las noticias acerca de la bioinformática. Aquí encontrarán la información del campo en donde confluyen la biología, la computación y las tecnologías de la comunicación.

Pero empecemos por lo más importante: ¿qué es la bioinformática?

Bueno la bionformática es una disciplina científica bastante reciente, que utiliza bases de datos para organizar, analizar y distribuir información biológica, con la finalidad de responder preguntas complejas en biología. Esta es un área de investigación multidisciplinaria, y está impulsada por el enigma de conocer el genoma humano, así como el deseo de comenzar una nueva etapa en la sociedad humana, en la cual la investigación genómica puede ayudar en gran medida a mejorar la condición y calidad de vida humana.

El siguiente video muestra la exponencia de un biólogo molecular hablando de la bioinformática y de como llegó a dedicarse a ella: